V. Šilkarskio darbai skirstomi į filosofijos istorijos tyrinėjimus ir klasikinės filologijos darbus. Pirmieji jo straipsniai rašyti rusų kalba ir paskelbti dar mokantis Maskvos universitete. V. Šilkarskis buvo poliglotas, rašė lietuvių, lenkų ir vokiečių kalbomis, dėstė universitete senąją graikų kalbą.
Lietuvoje spausdino straipsnius „Logos“, „Židinio“, „Vairo“, „Akademiko“ žurnaluose. Sukūrė nemažai straipsnių apie graikų literatūrą. Labai vertino Homero veikalus. Stambiausi publikuoti veikalai: „Homeras ir graikų epinė poezija“ bei „Graikų literatūros istorija“. Parašė įvadus Iliados ir Odisėjos lietuviškiems vertimams, Antano Smetonos išverstiems Platono dialogams „Sokratas ir jo Evangelija“.
Savo filosofijos istorijos veikaluose daugiausia tyrinėjo Platono, Sokrato, Spinozos ir V. Solovjovo filosofines koncepcijas. Emigravęs į Vokietiją nemažai Slovjovo veiklų išvertė į vokiečių kalbą, tokiu būdu populiarindamas šią filosofinę koncepciją Vakarų Europoje.