Bendradarbiaudamas su architektais - restauratoriais, K. N. Kitkauskas yra parengęs Vilniaus Žemutinės pilies teritorijoje Istorijos ir geografijos muziejaus ir Vilniaus universiteto mokslinės bibliotekos knygų saugyklos projektus. Jis taip pat dalyvavo rengiant Trakų, Biržų, Medininkų, Raudonės, Raudondvario pilių liekanų konservavimo bei dalinio restauravimo projektus, 1970 – 1982 m. parengė Tolminkiemio bažnyčios atkūrimo bei K. Donelaičio gyvenamojo namo – klebonijos restauravimo projektą. Nuo 1968 m. kartu su istorikais tyrė Vilniaus Arkikatedros požemius, architektūros raidą ir nustatė pirmosios Vilniaus katedros kontūrus. Tuo pat metu kaupė medžiagą ir apie kitų Vilniaus Žemutinės pilies pastatų bei gynybinės sienos liekanas, o 1989 m. išleido knygą “Vilniaus pilys”, už kurią 1990 m. jam buvo paskirta Nacionalinė premija.