„Margaritos" istoriją pasakoja trys veikėjai, kuriuos suveda Kankaristo miestelis, nuo seno garsinamas netoliese įkurtos sanatorijos. Seni, kaip ir jos tėvas, čia dirba masažuotoja. Kareivis Mikas miestelį supančioje Vehkasalo girioje atsiranda labai keistais keliais, trečią pasakotoją – miškininką Antį ten atveda darbas. Ketvirtąja pasakotoja galima laikyti gėlavandenę perluotę lotynišku vardu Margaritana margaritifera, tebegyvenančią upėje, tekančioje per Vehkasalo girią.
Suomiją kamuoja pokario nepritekliai, kurie paveikia ir Kankaristo miestelį: sanatorija uždaroma ir Seni netenka darbo. Vis dėlto jauna moteris greitai randa išeitį – išvažiuoja į Helsinkį, kur, kilus poliomielito epidemijai, reikia fizioterapeutų, galinčių padėti ligos sužalotiems žmonėms. Čia Seni susiduria su poliomielito paveiktu ketverių metų berniuku, o kartu ir su archeologu Aru, prieš keletą metų apvertusiu jos gyvenimą aukštyn kojomis.
Romano veiksmas vyksta 6-ajame dešimtmetyje. Per karą nemažą dalį teritorijos ir daugybę žmonių praradusi Suomija stengiasi atsitiesti, kompensuoti tai, ko šalis neteko. Statyboms, eksportui, pramonės fabrikams reikia medienos, tad valdžios nurodymu kertami miškai, vyriausybė priima įstatymus, kuriuos vykdant šalis turėtų visapusiškai atsigauti. Seni istorija liudija, kad toliaregiški ir geranoriški valdžios siekiai, vykdomi be atodairos, gali atsigręžti prieš pavienį žmogų.
Romane daug kalbama apie gamtą, kurios išlikimo simboliu tampa Margaritana margaritifera – perluotė, manoma, gyvenanti net 200 metų. Šį kiaute užsivėrusį moliuską – vieną seniausių būtybių pasaulyje, egzistavusią dar dinozaurų laikais, – per pastaruosius šimtą metų beveik visiškai išnaikino žmonių tuštybė ir pramonė. Retas šiandien žino, kad tas mažas padarėlis valo upės vandenį, o švaraus vandens reikia visiems.