J. Skablauskaitė išleido šiuos rinkinius: „Tik šviesūs paukščiai naktyje“ (1986 m., apsakymai ir apysaka), „Liūnsargių moteris“ (1993 m., apysaka ir apsakymai), „Trečiasis tūkstantmetis“ (2000 m., apysakos ir apsakymai), „Žolių kartumas“ (1990 m., romanas), „Mėnesienos skalikas“ (1997 m., romanas), „Kitas kraujas“ (2002 m., romanas), eilėraščių rinkinį „Šviesa, tiesa ir ilgesys“ (1989 m., eilėraščių rink.).
Jau pirmojoje knygoje išryškėjo svarbiausieji J. Skablauskaitės kūrybos bruožai: postmoderni meninė jausena, meno kūrinio kaip savarankiškos tikrovės modeliavimas, subtili fantastikos, magijos, paslapties ir tikrovės elementų sampyna. Romane „Žolių kartumas“, rinkinyje „Liūnsargių moteris“ iškyla savita moters samprata: ji stichiška, vadovaujasi nuojauta ar pasąmonės impulsais, laukinė ir neprijaukinama kaip gamta, ekstravagantiškai vaidina daugybę vaidmenų. Kartu Skablauskaitės moterys turi ir fatališkos, monstriškos moters bruožų, ypač išryškėjusių romane „Mėnesienos skalikas“, kur posovietinė provincijos tikrovė konstruojama kaip „muilo operos“ (vargo neslegiamų turtuolių meilės istorijos) ir mistikos lydinys. „Trečiasis tūkstantmetis“ grindžiamas keistomis vizijomis ir veiksmo metamorfozėmis.