Vienas žymiausių rusų ir lietuvių simbolistų. Rašė lietuvių ir rusų kalbomis. Poezijai rusų kalba (apie 300 eilėraščių) būdinga amžinųjų būties tiesų, gyvenimo prasmės filosofiniai apmąstymai, elegiška rimtis, abstraktūs simboliniai vaizdai, klasikinė forma. Lietuvių kalba parašytuose kūriniuose Lietuvos išlikimo tema, filosofinė refleksija ir alegorija jungiama su kaimo buities ir gamtos vaizdais. Kūryba turėjo įtakos lietuvių poetams. Išvertė į rusų kalbą H. Ibseno, O. Vaildo, A. Strindbergo, Dž. Bairono kūrinių.
Jo poezijos išversta į anglų, italų, lenkų ir kitas kalbas. Į lietuvių kalbą Jurgio Baltrušaičio eilėraščių išvertė Balys Sruoga, Faustas Kirša, Linas Broga.