„Samarkandas“ sudarytas iš dviejų dalių. Pirmoji – tai romanizuota Omaro Chajamo biografija. Šis XI a. persų filosofas, mokslininkas, poetas, šlovinęs vyną, meilę, gyvenimą, tame mieste praleido daug laiko, pradėjo rašyti garsiuosius rubajatus. Pasakodamas apie poetą, jo kūrybos ištakas ir įkvėpimo šaltinius, apie mitinį rankraštį, dingusį per mongolų antpuolius, autorius šilko keliu veda mus per Azijos miestus, rodo neramumų ir perversmų krečiamą šalį.
Antroje dalyje pasakojama apie O. Chajamo rankraščio paieškas po aštuonių amžių. Irane verda nepriklausomybės kovos, šalį drasko amžina priešprieša tarp šviesuolių ir fanatikų. Skaitytojai mato Persijos politinę raidą, mąstysenos ir pažiūrų evoliuciją, du tų pačių Rytų veidus. Šis romanas – tikra Persijos enciklopedija, beveik visi jo veikėjai – istorinės asmenybės.