Babtai minimi 1394 metais Kryžiuočių karo kelių aprašymuose kaip tėvonija (kiemas Baptindorf), nors galima manyti, kad ir 1386 metais kryžiuočių žvalgų aprašymo ištraukoje von dannen czu Bapto j mile rašoma apie Babtus. 1394 metais čia buvusios šešios sodybos (šeimynos), buvo dideli vartai. XV a. pabaigoje – XVIII a. Babtai buvo Lietuvos didžiojo kunigaikščio valda. XVI a.–XVII a. Babtai tapo judriu prekybiniu miesteliu. XVII a. gavo miesto teises. 1672 metais pastatyta pirmoji Babtų bažnyčia, 1777 metais jau veikė parapinė mokykla. 1732 metais suteikta savaitinio turgaus ir trijų prekymečių privilegija, 1792 metais suteiktos miesto teisės ir Babtų herbas. Miestelis ne kartą smarkiai degė.